No princípio era o Verbo, e o Verbo estava com Deus, e o Verbo era Deus.
Ele estava no princípio com Deus.
Todas as coisas foram feitas por ele, e sem ele nada do que foi feito se fez.

João 1:1-3

Jesus e Deus são distintos sim, aqui a palavra diz claramente que o Verbo(Cristo) estava com Deus, e quando diz que era Deus é por que a natureza divina são exatamente a mesma, você ainda tem dúvidas? olha o que a Palavra diz lá em Genesis:

E disse Deus: Façamos o homem à nossa imagem, conforme a nossa semelhança; e domine sobre os peixes do mar, e sobre as aves dos céus, e sobre o gado, e sobre toda a terra, e sobre todo o réptil que se move sobre a terra.
E criou Deus o homem à sua imagem; à imagem de Deus o criou; homem e mulher os criou.

Gênesis 1:26-27

Certo, se existe somente um e Deus e Cristo não existem, então como Deus diz: Façamos o homem a "nossa" imagem e semelhança? Deus aqui falava com alguém durante a criação não é mesmo? com quem Ele falava?
O primeiros versos que coloquei aqui respondem essa pergunta:

O verbo estava no princípio com Deus, todas as coisas foram feitas por Ele e sem Ele nada do que foi feito se fez.

Muito dificil de entender isso? Só Jesus(Filho) na causa....